Glyma.04g096100

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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.04g096100

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm04
Start:	8566631
stop:	8625328
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.04g096100

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT1G58230.1	AT	binding	JGI	N/A	IEA
GO:0005515	GO-mf	protein binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005515	GO-mf	protein binding	JGI	N/A	IEA
KOG1787	KOG	Kinase A-anchor protein Neurobeachin and related BEACH and WD40 repeat proteins	JGI	N/A	IEA
PTHR13743	Panther	BEIGE/BEACH-RELATED	JGI	N/A	IEA
PTHR13743:SF23	Panther		JGI	N/A	IEA
PF00400	PFAM	WD domain, G-beta repeat	JGI	N/A	IEA
PF02138	PFAM	Beige/BEACH domain	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.04g096100

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.04g096100 not represented in the dataset	Glyma.04g096100 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Related Legume Genes

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

Related Plant Genes

Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.04g096100

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.06g097800	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.04g096100 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma04g10301	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.04g096100

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.04g096100.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g096100 ID=Glyma.04g096100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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ACGGGGGAAAGACCTAGTAAAGACGAAATGCATAAGATCCGTCTTCTTTTGTTGAGTCTTGGTGAAATGAGTCTCAGGCAGAACATTGCTGCTGGAGACATAAAAGCTCTGATAGCATTTTTTGAGAAAAGTCAGGATATGACCTGCATTGAAGATGTCTTGCACATGGTTATTCGTGCTGTTTCTCAGATATCATTATTGGCTTCTTTCCTTGAACAAGTTAATATAGTTGGTGGTTGTCAGGTTTTTGTCAATCTTCTCCAGCGGGGATCTGAGTCTACTAGATTGTTGAGCTTACAGTTCATAGGGAGGCTTTTGGTTGGCCTTCCTGCTGAGAAGAAGGGGTCAAGATTCTTTAATCTCCCAATGGGAAGATCCAGATCAATTTCAGATAACCAAAGGAAAATCAGAATGCAACCAATTTTCTTAGCTATATCTAATAGACTGTTCTGTTTTCCACAGACCGAGAATCTGTGTGCCACTTTATTTGATGTTCTTCTTGGTGGTGCTAGCCCCAAACAGGTTTTACAAAGACATAACCACCTGGAGAGGGTGAGAAGCAAGGGTAGTCATTTTTTACTTCCTCAAATGTTGCCTCTGATTTTCAGATATCTGTCTGGCTGTAAGGATGCACCCGCAAGAATGAAAATAGTCAGAGATTTACTTGACCTTCTTGATTCAAATGCTTCTAATATTGAAGCTTTTATGGAATATGGGTGGAATGCCTGGTTAACATCATCTCTGAAGCTGGATGTGTTAAAAGAGTACAATGCCAAATTACCTGATAAAGGTGACTGTGGGATGGATGAGCTGCTCTTGGTGAGGAATTTGTTTTCCCTAGTTCTCTGTCACTATTTGCATTCTGTAAAAGGTGGCTGGCAACAGATGGAAGAGACAGTCAATTTTATTCTTATGCACTTTGAGGAAGGTGGCAATTCATATAGATTTTTTCTTCGTGATATATACGAGGATTTGATTCAGAATCTGGTAGAGCTGTCAGCTATGGACAATATTTTCATTTCACAGCCCTGTCGAGACAATACGTTATACCTTCTGAGATTGATTGATGAGATGCTAATTTCTGAAATTGATAAAGAACTCCCGTTTCTCGGAAGTGACTTTGATTGTCATGTTGATTTTGAAATGGAGTGTCACAAGGAGTATAGTTCTGCCTTAAAGGAAGTATTGGTAGAAGAAGCTGACGTGCAAACATCTAGAAAATCACAGAATTCTAAGCAGCCAATACCAAATGATGATACAATTGAGGAGAAATGGTGGAATCTATATGACAAATTGTGGGTTGTTATTAGCAAGATGAATGGTAAAGGACCCAGCAATATGTTACCCAAGTCATCGTCATTTGCAGGACCGTCTCTTGGTCAAAGGGCTCGTGGTTTAGTTGAGTCATTAAACATTCCTGCTGCTGAAGTCGCTGCAGTTGTTGTAGCAGGAGGGATTGGCACTGCTTTAGCTGCAAAGCCTAACAAAAATGTTGATAAGGCTATGGTTTTACGAGGAGAGAGGTGTCCAAGAATTATTTATCGCCTTGTTATTCTGTATTTATGTAAATCCTCTCTAGAAAGAGCATCACAGTGTGTCCACCAGTTCATCTCACTTTTACCTTGCCTTTTGAATGCTGATGATGAGCAAAGCAAGAGCAGGCTACAACTTATTATCTGGACACTGCTTTTTGTTAGGTCACAGTACGGAATATTGGATGATGGTGTTCGTTTTCATCTTTTATCACATTTGATACGGGAGACTGTCAATATTGGAAAATCAATGCTTGCTACTAGCATTGCGAGTCGAGATGATGCCTTTGATCCTAGCTACAATTCAAAAGATGCAGGGTCCATTCAAAATTTAATTCAAAAGGATCGAGTTCTGACAGCAGTCAGTGATGAGGCTAAATACATGAAGACATCTAAAATTGACCGCACCCAGCAGATACAGGAGCTTCATTCTAGAATAGATGAAAACTCCTTGGCAGAATCTAGCAGTAAGAAAGCTTTTGAAGACGATATACTAAGTAGCTTGAACTCTGTTCTTGCTACTGATGATAGCAGAAGAGCTGAATTCCAGCTTGCTTATGAGGAAAAGCAGCAAAATGTTGCTGAAAAATGGATACACATGTTTCGTTCTTTAATTGATGAGAGGGGTCCGTGGTCTACTAACCCTTTTCCAAATTCTGTTGTAACACACTGGAAACTTGATAAGACAGAAGACACATGGCGGCGCAGGCCAAAACTAAGGCAAAATTACCATTTTGATGAAAATCTGTGTAGTCCTCCTGCCATTGGTAGTGGGGTTGCTACTCCTGTCAATGAAAGTAATCCTGGTTTTGTGGGTTATGTACCTGAACAAATGAAGCAGCTCTTGCTGAAAGGGATGAGAAAAATAACTGATGAGGGAACTTTGGACATTAGTGAAACCAATACTGTAATAAGTGGACAAAATTCTCAAATTCCCACTGATTATTCAGAATGTCAATCCTCAGACTTACTAAAGGATGCCAGTGACAGAAAGGATATTGTGCAAGAACGAAAAGATACTTCCTCTTCTCCTGAAACAGAAGCTAGTGAGGTGCTTGTATCAGTTCCATGCGTTCTTGTGACCCCAAAGAGAAAATTAGCTGGTCATTTGGCAGTGATGAAAAATGTTTTGCATTTCTTTGCTCAATTCTTGGTAGAGGGTACTGGTGGATCATCTGTTTTTAGAAACTTTGATGCCTCAATTAATTCTGATCTGACCAAGTCTGATCTAAAACAAAGATCATTGAAGTGGCCTGTTTCTGGTATGGATCCTCAGAAGGGAACTGCAGTCGGTAACATAGAGCTAATAAATGGAAATGGATCTGTTAAACTTATGAGATGTGTTAAACGCCATCGAAGATGGAGTGTGGCCAAGATAAAAGCTGTTCATTGGACGCGATATTTGCTCAGATATACTGCAATAGAGATATTCTTTAGTGATTCAGTTGCCCCAGTATTTTTAAACTTTGCATCGCAGAAGGATGCAAAAGATATAGGAAACTTGATAGTTACTACAAGAAATGAATATTCATTTCCCAAAGGAAGTGGAAAGGATAAGAGTGGATCTATTAGTTTTGTTGATCGACGAGTGGCACAAGAAATGGCAGAAACTGCCAGAGAAAGCTGGAGGAGAAGGGATATAACAAACTTTGAGTATTTAATGATTCTCAATACACTTGCTGGAAGATCTTATAATGATCTGACACAATATCCCGTTTTTCCTTGGGTCTTGGCTGACCACTCATCAGAGGTTCTTGATTTTAACAAATCATCTACATTTCGAGATCTCTCAAAGCCTGTTGGAGCGCTTGATACTAAACGATTTGAGGTATTTGAAGATAGATACCGTAACTTCTGTGATCCTGATATACCCAGTTTCTACTATGGATCTCATTACTCAAGTATGGGCATTGTGCTTTATTACCTTCTTAGATTGGAGCCCTTTACCTCTCTTCACCGTAATCTGCAGGGTGGTAAATTTGATCATGCTGACCGTCTTTTTCAAGGTATTGAGGGTACCTACAGAAATTGCCTTACAAATACTAGTGATGTGAAGGAGTTAATACCCGAGTTCTTTTACATGCCTGAGTTTCTTGTCAATTCAAACTCTTATCATCTAGGAGTTAAACAGGATGGTGAACCTATTGGGGATGTTTGCCTGCCTCCTTGGGCTAAGGGTTCACCTGAAGAATTCATTAGGAGAAATCGGGAGGCCCTTGAAAGTGAATATGTTAGCTCAAATCTTCATCACTGGATAGATTTGGTATTTGGTTACAAGCAACGTGGAAAACCTGCTGTAGAGGCAGCAAACATCTTCTACTACTTGACTTATGAAGGTGCTGTTGATCTGGAAACAATGGAAGATGATTTGCAAAGAGCAGCTATCGAAGACCAGATAGCCAACTTTGGTCAGACTCCAATCCAGATATTTCGTAAGAAACACCCGAGAAGAGGGCCACCTATTCCAATTGCACATCCTTTGTACTTTGCTCCTGATTCTATTAGTTTGACTTCCATTGTTTGTAATACAAGTCAATATTCATCTGCTATGCTTTATGTTGGTCTGATGGACTCGAATATTGTCCTTGTGGACGAGGGTCTCAATTTGTCTGTAAAGATGTGGTTGACAACTCAACTACAGTCTGGTGGAAATTTTACATTTTCTGGTTCCCAGGATCCATTCTTTGGAGTTGGTTCTGACATACTTTCTCCACGCAAAATTGGGATTCCTGTGCCTGAAAATGTTGAACTTGGAGCTCAATCTTTTGCAACAATGCAATCACCCTCTGAGAATTTCTTAATATCATGTGGCAATTGGGAAAATAGTTTTCAGGTCATATCATTAAGCGATGGCAGAATGGTACAGAGTATCCGACAGCACAAGGATGTGGTGAGCTGTGTTGCAGTTACATCTGATGGAAGTATCCTTGCAACTGGAAGCTATGATACTACAGTAATGGTTTGGGAAGTTTTTCGTGGTAAAACTGCAGAAAAGAGAATTCGTAATAGTCAATCTGAGTTGCCCCGTAAGAATTATGTGATAATTGAAACTCCATGCCACATCCTTTGTGGGCATGATGATATAATAACTTGTTTATATGTTAGTCATGAACTTGATATTATAATCAGTGGATCAAAAGATGGAACTTGTGTATTCCACACCCTGCGAGAAGGTAGATATGTTAGATCCTTACGGCATCCGTCAGGCAGTCCAATTACAAAGCTAGTTGTCTCTCAGTGTGGCCAGATTGTGATTTATGCTGATGATGATCTTAGTTTGCACCTGTATTCAATTAATGGAAAGTATCTTGCTGCCTCTGAATCCAATGGACGCCTTAATGCTGTTCAATTGAGCAGATGTGGAAAGTTTTTGGTAGGCGCAGGTGACCAGGGACAGATTTTTGTTCGCTCTATGAACACCCTTGAAGTTGTTAAGAAATATCAAGGAGTTGGAAAGGTTTTGACATCTCTGGCAGTAACCCCAGAAGAATGCTTCTTAGCTGGCACAAAAGATGGAAGCCTCCTAGTGTACTCAATAGAAAATCCTCAGATTCGTAAAACTAGCCACAGCAAAAGTACAAAATCAAAACTGACATAACAGAAAATATAACAATACAGCAGAAGGTGCATGTGGAATTTTGAAAGTTAGAGGTGTTCCATGATGACTGTTTCAGGTGCACCCACTGACAATTGACAACATATTTGGGGTTATATGCTAAATTGCTGATATCACTTACGTGGTGATCTTCTCATTTTCTTCCTTTGGCTGTTTTGTGTATCATCCCCGTGAAGTGCTTGTGGATACTGTGAGATCAGAGATGAGTGAGTACCAGCTTTACCTGAATATAGAAAGCAGCAGCATATCTACTTCTTTTGTACTGTGGAATAGAAGAACTGGGTGGAGTATCATCTACTTTCTAAGCTCCTGGAATTAGGGAGGTAAAGACTTGGCGGGTTTGGTCATACATGTACATTATATTCGTTAATTCTTCAATAGGATTCTTGTGAACTAAAATTGTAGCTGTGCTATTATTTTTGGTTTTCTCTGTTAACACTTGGATTGTACAGACAGACAGGCCCTAATGCCTTATCATACAGGCGAAGGATAACTCTCCGCCCATGTCATGTATCTGCTGATGTTGCTCACTTTAAGGTCTATGAAATGAAATTTAAGGATACCAAGAACAATTGACTGGGAATATCGGCAACGGAGAATTATCACTCGTAAAACAGA

>Glyma.04g096100.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.04g096100 ID=Glyma.04g096100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.04g096100

Limit To All Plant Sequences

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Predicted protein sequences of Glyma.04g096100

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.04g096100.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g096100.1 locus=Glyma.04g096100 ID=Glyma.04g096100.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.04g096100.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.04g096100.4 locus=Glyma.04g096100 ID=Glyma.04g096100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain